Mikroorganizmaları bakteriler, virüsler, mantarlar ve parazitler olarak sınıflandırmaktayız. Tüm bu mikroorganizmalar hastalık etkeni olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu birimde infeksiyon etkeni mikroorganizmalar ile ilgili direkt ve indirekt testleri yapmaktayız. Mikrobiyoloji laboratuvarmda alt birimler olarak bakteriyoloji, viroloji mikoloji, parazitoloji ve seroloji bölümleri yer almaktadır.